Sprawa budowy nowego kościoła zapoczątkowana została na początku lat 80-tych i była powodowana rozbudową miasta na terenach położonych pomiędzy ulicą Obrzycką i Drogą Leśną, tj. na terenach parafii Świętego Krzyża.
W latach 1986-1990 na Osiedlu Leśnym, przy Drodze Leśnej, na działce, którą parafia otrzymała w wyniku wcześniej przeprowadzonej wymiany gruntów, pobudowano budynek administracyjno-mieszkalny z kaplicą, w której odprawiano nabożeństwa w niedziele i święta. Pozostała część budynku nie została wykończona.
Z dniem 1 lipca 1991 roku parafię objął nowy proboszcz ks. Zbigniew Urny, który przystąpił do wykończenia mieszkań dla księży biura parafialnego, zakrystii i upiększenia kaplicy. Obok wyżej wymienionego budynku i kaplicy było też miejsce przeznaczone pod budowę nowego kościoła. Niezależnie od prac związanych z wykończeniem części budynku parafialnego nowy proboszcz zajął się sprawami związanymi z budową kościoła, tj. opracowaniem projektu kościoła i uzyskaniem wymaganych pozwoleń, tak z Kurii Metropolitarnej w Poznaniu, jak i od władz administracyjnych.

W miesiącu czerwcu 1996 roku obornicki chór "CANTILENA" przebywał z wycieczką we Włoszech. Przedstawiciele tego Chóru zabrali z Obornik przygotowany wcześniej przez księdza proboszcza kamień węgielny pod budowę nowego kościoła i spełniając jego prośbę przedstawili go Papieżowi celem poświęcenia. W dniu 30 czerwca 1996 roku papież Jan Paweł II przywieziony kamień pobłogosławił. Uroczystość ta odbyła się w Watykanie, na Dziedzińcu Świętego Damazego.

W dniu 16 października 1996 r. w święto Jadwigi Śląskiej, patronki budowy kościołów, i dzień papieski ksiądz proboszcz Urny odprawiając rano Eucharystię zawierzył Świętej Jadwidze sprawę budowy kościoła na Osiedlu Leśnym. Po nabożeństwie rozpoczęto prace budowlane.
Budowę ław fundamentowych zakończono 31 października 1996 r. W tym samym czasie ks. proboszcz Urny zamówił w Belgii całą stalową konstrukcję kościoła, która wczesną jesienią 1997 roku została sprowadzona na miejsce budowy kościoła. Prace montażowe zostały zakończone przed Świętami Bożego Narodzenia 1997 roku.

W latach 2000-2003 zostały wykonane dalsze prace przy budowie kościoła. Wykonano prace tynkarskie, instalacyjne, malarskie oraz ułożono granitową posadzkę w całym kościele. Wnętrze kościoła wyposażono w murowany ołtarz, prezbiterium, tabernakulum, oświetlenie, konfesjonały, ławki oraz organy. Na ścianach kościoła umieszczono stacje DROGI KRZYŻOWEJ. Ponadto zakrystię wyposażono w meble i potrzebny sprzęt. Zakupiono również obraz Jezusa Miłosiernego, jako przyszłego patrona nowego kościoła i umieszczono go nad głównym ołtarzem.

Niezależnie od prac związanych z budową kościoła, w tym samym czasie otynkowano znaczną część budynku parafialnego. Zainstalowano też ufundowany przez mieszkańca miasta zegar, który jest widoczny w znacznej części parafii. W tym czasie w kościele był ustawiony tymczasowy ołtarz, a nad nim umieszczony obraz patrona kościoła.

W dniu 1 kwietnia 2002 roku przybył do parafii biskup ks. dr Grzegorz Balcerek w celu nadania nowemu kościołowi imienia. Zgodnie z wcześniejszą propozycją ks. proboszcza Zbigniewa Urnego. ks. bp. Grzegorz Balcerek nadał nowemu kościołowi imię MIŁOSIERDZIA BOŻEGO. Podczas uroczystości nadania imienia nowemu kościołowi ks. bp Grzegorz Balcerek wmurował w ścianę kościoła, w pobliżu ołtarza, kamień węgielny, który w dniu 30 czerwca 1996 roku pobłogosławił Papież Jan Paweł II.

Budowa i wyposażenie nowego kościoła trwały do wiosny 2003 roku. Przed uroczystym poświęceniem pobudowanego kościoła, zakupiono nowy, większy obraz Jezusa Miłosiernego i umieszczono go nad głównym ołtarzem. Obraz, który dotychczas był umieszczony nad głównym ołtarzem przeniesiono do Domu Parafialnego i zawieszono w sali Świętej Siostry Faustyny.

W dniu 26 kwietnia 2003 roku odbyła się uroczystość poświęcenia (konsekracja) pobudowanego kościoła, któremu wcześniej nadano imię MIŁOSIERDZIA BOŻEGO. Poświęcenia kościoła dokonał Arcybiskup Metropolita Poznański ks. dr Stanisław Gądecki. Poświęcenie nowego kościoła, przeprowadzone zgodnie z przepisami Kodeksu Prawa Kanonicznego, ks. Arcybiskup Gądecki potwierdził dekretem z dnia 26 kwietnia 2003 roku.

W związku z zakończeniem prac budowlanych związanych z budową nowego kościoła na Osiedlu Leśnym przy Drodze Leśnej 60 Arcybiskup Metropolita Poznański ks. dr Stanisław Gądecki swoim dekretem z dnia 10 maja 2003 roku przeniósł prawa parafialne na nowy kościół p.w. Miłosierdzia Bożego. Po tej zmianie kościół Świętego Krzyża stał się kościołem filialnym w nowej parafii.